の表示は何ですか？(2013/09/08追記)2014/01/11追記
AE2本体及び標準プラグイン（YAプラグイン）についてAE1との違いなどを解説します。
現在のAE2の機能はYAプラグインで利用しているヤフオク！WEBAPIの仕様によるところが大きいです。
■ アクセス数制限について
YAプラグインには「WEBAPIアクセス制限」と「ローカルアクセス制限」の2種類の制限があります。
WEBAPIアクセス制限はYahoo!側が自社の都合でかけている制限です。これは絶対的なものなので従う他ありません。
ローカルアクセス制限は一部のYAプラグインユーザーがWEBAPIアクセス数を使い潰さないようにする為の措置です。現在のところローカルアクセス制限は1000件／時間でこれを超えた分はエラーになります。WEBAPIアクセス数は全「YAプラグイン」ユーザーの共有リソースになるので無駄なアクセスが発生しないように利用して頂くことをお願いします。
アクセス制限を改善したい場合は独自プラグインを開発することをお薦めします。
※WEBAPIのアクセス数制限解説サイト（外部リンク）
■ AE1のデータファイルは引き継げません(2013/09/08追記)
現在のところ検索条件やデータファイルは引き継げません。予定もありません。
■ ログイン機能について
WEBAPIにログイン機能が無い為YAプラグインではログイン／ログアウトは出来ません。
但し、WEBAPI専用の認証機能を使用することでマイ・オークションの取得やウォッチリストの追加と削除は可能です。専用認証のメリットはヤフオクアカウントのIDとパスワードをAE2やプラグインに入力しなくても良いということでセキュリティ的に安全です。
※認証機能についてはYahooの解説サイト（外部リンク）を参照してください
■ 入札について
WEBAPIに入札機能が無い為YAプラグインでは入札が出来ません。
対応するプラグインを別途開発すれば入札は可能になります。
■ 商品一覧のＱ＆Ａアイコンについて
AE1では商品詳細データを取得することでQ&Aのやりとりが有ればQ&Aアイコンを表示していましたが、WEBAPIでは該当する情報が得られない為Q&Aアイコンは一切表示しません。
※WEBAPIにはQ&A情報を取得するAPIがあるのでそれを利用すれば表示可能になりますがWEBAPIのアクセス数増加に繋がりますので今のところは考えていません。
■マイオク出品中リストの出品モニタ値について
出品中商品一覧の「出品モニタ」にはウォッチリスト追加数以外のカウンタ値は表示しません。これはWEBAPIの仕様によるものです。
■ その他対応していない機能について
どれもWEBAPIの仕様によるものです。WEBAPIの仕様改善を待つかWEBAPIに依存しないプラグインを別途開発すれば可能になります。
■ 検索条件オプションの「検索対象」について
検索対象に(1)「指定なし」，(2)「タイトル＋ストア用検索キーワード」，(3)「タイトル＋本文」，(4)「タイトルのみ」の4つが選択できます。
(3)と(4)はそのままなので良いとして(1)と(2)についてはWEBAPIの解説サイトに説明がないので作者もよく判りません。（利用者の情報提供によると(1)と(4)は同じ結果になるそうです）
※検索対象についてはYahooの解説サイト（外部リンク）の「検索対象」の箇所を参照してください
■ マイ・オークション商品一覧での入札者表示について
「一覧更新時」と「詳細読み込み時」で入札者及び落札者の表示が異なります。例えば一覧更新時に"AE_USER"と表示しているが詳細取得後は"AE*****（評価）"となります。
これはWEBAPIの仕様によるもので今のところ改善する予定はありません。
■ AE2ウィンドウの左下に有るの表示は何ですか？(2013/09/08追記)
Yahoo!のWEBAPIを使用するアプリケーションに表示が義務付けられている「クレジット表示」と言う物です。表示画像や余白の大きさなどがYahoo!により規定されています。
詳しくはYahoo!の解説ページ（外部リンク）を参照ください。
■ アダルト商品検索について(2014/01/11追記)